Ovaj dokument pruža detaljne upute za korištenje OMERO sustava putem web sučelja i desktop aplikacije, uključujući organizaciju podataka, upravljanje korisnicima i osnovne funkcionalnosti platforme.
1. Registracija novog korisnika
Kako biste koristili OMERO sustav, prvo je potrebno registrirati korisnički račun. Koraci za registraciju:
- Otvorite OMERO web sučelje i na prijavnoj stranici kliknite “Don’t have an account?”.
- U registracijskom obrascu unesite sljedeće podatke:
- Ime i prezime
- E-mail adresu
- Instituciju kojoj pripadate
- Nakon što ispunite sve tražene podatke, kliknite “Create account”.
- Po uspješnoj registraciji, dobit ćete korisničko ime i privremenu lozinku.
- Radi sigurnosti, preporučuje se da odmah nakon prve prijave promijenite lozinku.
Zaboravljena lozinka?
- Ako zaboravite svoju lozinku, kliknite na “Forgot your password?” na prijavnoj stranici.
- Pratite upute kako biste postavili novu lozinku putem e-maila.
Dodjela ovlasti nakon registracije
Nakon registracije, korisnik se automatski dodjeljuje u grupu “pending_users”, gdje nema mogućnost pregleda ili kreiranja slika. Kako bi mogao koristiti OMERO sustav i njegove alate, korisnik treba zatražiti od administratora premještaj u grupu “contributors”. Za premještaj u odgovarajuću grupu, korisnik treba kontaktirati administratora putem e-maila na adresu: ivan.stajduhar@riteh.uniri.hr.
2. Osnovna navigacija i korištenje OMERO sučelja
Nakon prijave u OMERO web sučelje, korisnik može upravljati svojim podacima kroz intuitivno organizirano sučelje. Ovdje su ključni elementi koji omogućuju navigaciju i rad u OMERO sustavu.
2.1 Odabir grupe za pregledavanje podataka
Ako korisnik pripada više grupa, može odabrati grupu čije podatke želi pregledavati na sljedeći način:
- U gornjem desnom kutu sučelja kliknite na trenutno aktivnu grupu.
- Otvorit će se padajući izbornik s popisom svih grupa kojima korisnik pripada.
- Klikom na željenu grupu, prikaz podataka će se ažurirati i prikazivat će se samo podaci unutar te grupe.
🔹 Napomena: Podaci koji su vidljivi i dostupni ovise o grupnim permisijama postavljenim prilikom kreiranja grupe.
2.2 Kreiranje novih projekata, datasetova i screenova
OMERO koristi hijerarhijsku strukturu za organizaciju podataka. Glavni organizacijski elementi su:
Projekt – Najviša razina organizacije, sadrži datasetove.
Dataset – Grupa slika unutar jednog projekta.
Screen – Koristi se za high-throughput eksperimente.
🔹 Kako kreirati novi objekt?
- Kliknite “Create New” u gornjem dijelu sučelja.
- Odaberite Project, Dataset ili Screen.
- Unesite naziv i opcionalni opis.
- Kliknite “Save”.
🔹 Napomena:
- Svi podaci su organizirani hijerarhijski, pa pri dodavanju novih slika pazite da budu smještene unutar odgovarajućeg dataset-a.
- Slike se ne mogu dodavati izravno u projekt – moraju biti smještene unutar dataset-a.
- Ako ste u grupi s Read-Write permisijama, svi članovi mogu surađivati na istim projektima i datasetovima.
- Ako pripadate višestrukim grupama, budite sigurni da ste odabrali ispravnu grupu prije dodavanja podataka.
3. Dodavanje slika u OMERO
Slike se mogu dodavati isključivo putem OMERO desktop aplikacije, koju možete preuzeti na službenoj stranici: OMERO Downloads
3.1 Prijava
- Pokrenite OMERO desktop aplikaciju.
- Odaberite “Enter the server’s address“.
- U polje za server adresu unesite: optiderm.riteh.hr.
- Unesite svoj username i password.
- Kliknite “Login” za prijavu u sustav.
3.2 Postupak dodavanja slike
- U gornjem desnom kutu aplikacije kliknite “Open the Importer”.
- Pronađite željenu sliku na svom računalu i označite je.
- Kliknite na strelicu “Add the selected files to the queue”.
- U novom prozoru odaberite projekt i dataset gdje će slika biti pohranjena.
- Kliknite “Import” za početak prijenosa.
- Nakon završetka uploada, kliknite “Close”.