Instructions

Ovaj dokument pruža detaljne upute za korištenje OMERO sustava putem web sučelja i desktop aplikacije, uključujući organizaciju podataka, upravljanje korisnicima i osnovne funkcionalnosti platforme.

1. Registracija novog korisnika

Kako biste koristili OMERO sustav, prvo je potrebno registrirati korisnički račun. Koraci za registraciju:

  1. Otvorite OMERO web sučelje i na prijavnoj stranici kliknite “Don’t have an account?”.
  2. U registracijskom obrascu unesite sljedeće podatke:
    • Ime i prezime
    • E-mail adresu
    • Instituciju kojoj pripadate
  3. Nakon što ispunite sve tražene podatke, kliknite “Create account”.
  4. Po uspješnoj registraciji, dobit ćete korisničko ime i privremenu lozinku.
  5. Radi sigurnosti, preporučuje se da odmah nakon prve prijave promijenite lozinku.

Zaboravljena lozinka?

  • Ako zaboravite svoju lozinku, kliknite na “Forgot your password?” na prijavnoj stranici.
  • Pratite upute kako biste postavili novu lozinku putem e-maila.

Dodjela ovlasti nakon registracije
Nakon registracije, korisnik se automatski dodjeljuje u grupu “pending_users”, gdje nema mogućnost pregleda ili kreiranja slika. Kako bi mogao koristiti OMERO sustav i njegove alate, korisnik treba zatražiti od administratora premještaj u grupu “contributors”. Za premještaj u odgovarajuću grupu, korisnik treba kontaktirati administratora putem e-maila na adresu: ivan.stajduhar@riteh.uniri.hr.

2. Osnovna navigacija i korištenje OMERO sučelja

Nakon prijave u OMERO web sučelje, korisnik može upravljati svojim podacima kroz intuitivno organizirano sučelje. Ovdje su ključni elementi koji omogućuju navigaciju i rad u OMERO sustavu.

2.1 Odabir grupe za pregledavanje podataka

Ako korisnik pripada više grupa, može odabrati grupu čije podatke želi pregledavati na sljedeći način:

  1. U gornjem desnom kutu sučelja kliknite na trenutno aktivnu grupu.
  2. Otvorit će se padajući izbornik s popisom svih grupa kojima korisnik pripada.
  3. Klikom na željenu grupu, prikaz podataka će se ažurirati i prikazivat će se samo podaci unutar te grupe.

🔹 Napomena: Podaci koji su vidljivi i dostupni ovise o grupnim permisijama postavljenim prilikom kreiranja grupe.

2.2 Kreiranje novih projekata, datasetova i screenova

OMERO koristi hijerarhijsku strukturu za organizaciju podataka. Glavni organizacijski elementi su:

Projekt – Najviša razina organizacije, sadrži datasetove.
Dataset – Grupa slika unutar jednog projekta.
Screen – Koristi se za high-throughput eksperimente.

🔹 Kako kreirati novi objekt?

  1. Kliknite “Create New” u gornjem dijelu sučelja.
  2. Odaberite Project, Dataset ili Screen.
  3. Unesite naziv i opcionalni opis.
  4. Kliknite “Save”.

🔹 Napomena:

  • Svi podaci su organizirani hijerarhijski, pa pri dodavanju novih slika pazite da budu smještene unutar odgovarajućeg dataset-a.
  • Slike se ne mogu dodavati izravno u projekt – moraju biti smještene unutar dataset-a.
  • Ako ste u grupi s Read-Write permisijama, svi članovi mogu surađivati na istim projektima i datasetovima.
  • Ako pripadate višestrukim grupama, budite sigurni da ste odabrali ispravnu grupu prije dodavanja podataka.

3. Dodavanje slika u OMERO

Slike se mogu dodavati isključivo putem OMERO desktop aplikacije, koju možete preuzeti na službenoj stranici: OMERO Downloads

3.1 Prijava

  1. Pokrenite OMERO desktop aplikaciju.
  2. Odaberite “Enter the server’s address“.
  3. U polje za server adresu unesite: optiderm.riteh.hr.
  4. Unesite svoj username i password.
  5. Kliknite “Login” za prijavu u sustav.

3.2 Postupak dodavanja slike

  1. U gornjem desnom kutu aplikacije kliknite “Open the Importer”.
  2. Pronađite željenu sliku na svom računalu i označite je.
  3. Kliknite na strelicu “Add the selected files to the queue”.
  4. U novom prozoru odaberite projekt i dataset gdje će slika biti pohranjena.
  5. Kliknite “Import” za početak prijenosa.
  6. Nakon završetka uploada, kliknite “Close”.
Scroll to Top